农民工权益保护存在不少问题和困难，主要表现在以下几方面：

1. 就业歧视。用人单位视农民工为“二等公民”，同工不能同酬，同工不能同时，同工不能同权。

2. 就业环境条件差，缺乏应有的劳动保护。农民工群发性的职业病或中毒事故频繁发生。资方又忽视安全生产，以致工伤事故不断，农民工在如此条件下劳动，身体健康权受到严重损害。

3. 劳动报酬权利得不到保障。被收押金、扣证件，工资被拖欠、克扣是司空见惯。

4. 农民工的社会保障制度基本没有建立起来。农民工长时间被排除在养老保险、工伤保险等社会保障制度之外，直至今日，才逐渐有一些强制要求为农民工建立社会保障体系的文件出台，但在执行中这些文件还不能完全落实到位。

5. 休息休假的权利得不到保障，超强度加班成为“正常”现象。

6. 人身权利得不到保障。老板或管理人员对农民工搜身搜包，殴打、体罚农民工的事充斥着媒体，强迫农民工下跪、吞食异物的事也时有耳闻。

　　
三、农民工权益受侵害的原因

主要有以下几个方面：

1. 农民劳动力市场供大于求，导致农民工在就业中无序竞争。

2. 农民工从业的随意性和松散性，造成农民工权益维护困难。

3. 农民工文化程度偏低，缺乏相应的法律知识和维权意识。

4. 保障制度难以落实